После успешного освоения образовательной программы бакалавриата выпускники могут продолжить обучение по программе следующего уровня образования - программе магистратуры.

Набор абитуриентов в магистратуру Института прокуратуры на бюджетную основу осуществляется как по направлениям органов прокуратуры и Следственного комитета Российской Федерации, так и на общих основаниях. 

Институтом прокуратуры реализуются  магистерские программы по профилю прокурорской деятельности (по всем формам обучения).

Сроки обучения в магистратуре: очная форма - 2 года, очно-заочная и заочная формы – 2 года 3 месяца.

Обучение в магистратуре осуществляется как на бюджетной основе, так и по договорам об оказании платных образовательных услуг. Стоимость обучения по договорам об оказании платных образовательных услуг устанавливается приказом ректора Университета.

Студентам, полностью выполнившим учебный план и успешно прошедшим государственную итоговую аттестацию, присуждается квалификация магистра и выдается диплом государственного образца о высшем образовании с присвоением квалификации «магистр» по направлению подготовки «Юриспруденция».